培养基在水产养殖方面表现突出，首先作为营养类物质，很早就有人开始研究在养殖业用微生物作为营养的来源，现代的发酵工艺和微生物学也让这样的微生物饵料来源大批量生产成为了可能。有相关的学者做实验后得出结论，百分之九十八各种形态的细菌都能被刺身所吸收并且消化。细菌饲料的能量和营养与碎屑饵料的水平相当，完全可以确保幼参的新陈代谢。而饲料酵母中富含很多水产动物需要的微量元素和维生素，已经成为鱼虾等人工配比饵料中重要的添加剂。专家在调配虾饵料的过程中将部分鱼粉替换成饲料酵母，该种饵料与传统饲料相比，提高了虾的产量以及成活率。我国关于贝类的生产处于逐步发展的状态，但养殖过程中却没有做到单细胞的藻类饲料的充分使用，养殖场往往会以蛋黄等来代替藻类饲料。这样虽然在一定程度上满足了养殖动物生长繁殖中的营养需求，不过会使养殖池的水质造成一定程度上的破坏，形成育苗效果不理想的后果；其次做为疾病预防和控制来讲，效果极为显著。微生物是很多疾病最重要的引发者。除了细菌之外，能够引发疾病的还有霉菌、病毒等。想要防治疾病，除了要保持优良的水质，并采用抗生素以外，疫苗的免疫接种也是防治细菌疾病和病毒疾病的有效措施。在实际的水产养殖中，弧菌疫苗对于多种鱼类疾病的防范和治疗能够产生非常良好的效果。鱼类疫苗主要的给予方式有喷雾、浸浴等等。目前有很多人在尝试用微生物促使无脊椎的动物提高自身的免疫力。有人用减毒疫苗以口服和注射的方式对鲍鱼进行接种和免疫。所得到的结果是经过免疫的鲍鱼要比未经免疫的鲍鱼在成活率上提高了百分之五十以上。这让我们相信在大规模的水产养殖和生产中，采用培养基培养出来的微生物预防病害发生是十分有效的。